Plus ambitieux, le développement de Parasite Eve II est repris par le studio Square Division 5, basé à Osaka. Cette fois-ci, l'éditeur n'oublie pas les joueurs européens et lance Parasite Eve II le 25 août 2000, sept mois après sa sortie japonaise. Quelques temps après les événements qui ont frappé New-York, Aya est envoyée à Los Angeles pour élucider un nouveau mystère. Membre de la section gouvernemental « MIST », la blonde plantureuse, aidée par sa fine équipe d'agents, se retrouve face à une nouvelle menace encore plus terrifiante : le virus du premier volet a muté en une toute nouvelle espèce, plus violente et plus rapide. Pour trouver l'origine de ces mystérieuses cellules, Aya se rend dans le désert du Nevada ou l'attendent déjà une horde de monstres. Nous n'en dirons pas plus pour ne pas vous gâcher le plaisir de la découverte, mais sachez juste que la trame scénaristique est nettement plus profonde que dans le premier épisode. Le designer Tetsuya Nomura imagine une version encore plus sexy d'Aya et n'hésite pas à l'amener dans des situations provocantes.
Techniquement, Parasite Eve II franchit un cap et devient l'un des plus beaux jeux de la Playstation au moment de sa sortie. L'évolution graphique s'accompagne d'un changement de gameplay. Hormis l'évolution du personnage, Square met de côté la dimension RPG du premier volet : Parasite Eve II devient un jeu d'action, avec des mécaniques semblables aux références du genre de l'époque.
D'ailleurs, il n'y a plus de batailles aléatoires. Comme le veut la tradition des jeux Square, le joueur peut débloquer différents modes inédits une fois le jeu terminé. Malgré un accueil des médias extrêmement positif, les ventes de Parasite Eve II sont décevantes. Contrairement au premier volet, le deuxième opus peine à dépasser le million d'exemplaires vendus dans le monde et ne réalise pas les mêmes scores au Japon. Une contre-performance regrettable qui pousse Square à mettre Aya au placard durant près d'une dizaine d'années.
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